為支持基礎研究和應用基礎研究，1984年原國家計委組織實施了國家重點實驗室建設計劃，主要任務是在教育部、中科院等部門的有關大學和研究所中，依托原有基礎建設一批國家重點實驗室。1984-20１０年，國家重點實驗室走過了起步階段和發(fā)展階段，正在進入提高階段。

　一、起步階段（1984年-1997年）：建成155個國家重點實驗室，探索管理體制和運行機制。

建成一批基礎研究實驗研究基地。1984-1993年，國家利用科技三項經(jīng)費投資9.1億元，立項建設了81個國家重點實驗室，重點在基礎理論研究方面進行了布局;1991-1995年，國家利用世界銀行貸kuan投資8634萬美元和1.78億元，又立項建設了75個國家重點實驗室，重點在應用基礎研究和工程領域進行了布局。兩批重點實驗室建成，形成了國家重點實驗室計劃初步框架。

國家經(jīng)費支持：1989年原國家科委設立“重點實驗室運行補助費專項”，補助實驗室的日常運轉(zhuǎn)和對外開放。1995-1997年，原國家計委對67個國家重點實驗室進行了儀器設備更新改造。建立評估制度：1990年開始，原國家計委和原國家科委分別委托國家自然科學基金委，對國家重點實驗室進行評估。1994-1997年，原國家計委和國家科委共同委托國家自然科學基金委分領域統(tǒng)一評估國家重點實驗室，并分別予以設備更新經(jīng)費和運行補助經(jīng)費資助。

二、發(fā)展階段（1998年-2007年）：規(guī)范和改進國家重點實驗室的管理，探索新的實驗室建設類型。

科技部規(guī)范了“發(fā)布指南、部門推薦、專家評審、擇優(yōu)立項”的國家重點實驗室新建程序，在國家重大需求領域和新興前沿領域新建了88個實驗室，同時淘汰了17個運行較差的實驗室，建立了“優(yōu)勝劣汰”的競爭機制。此外，根據(jù)實驗室發(fā)展形勢與時俱進修訂實驗室建設與管理辦法，加強實驗室管理。尤其對實驗室評估規(guī)則進行了較大的修改，強調(diào)質(zhì)量、定性評價、整體評價等指導思想，取消定量指標，引導實驗室出重要原始性創(chuàng)新成果。

2000年開始，在國家重點實驗室工作基礎上推動學科交叉、綜合集成的國家實驗室（試點）工作。2003年，為帶動地方基礎研究和基地建設，開展了省部共建國家重點實驗室培育基地工作。2006年，為加強國家技術創(chuàng)新體系建設，開展了依托企業(yè)和轉(zhuǎn)制院所建設國家重點實驗室的工作。截2007年底，正在運行的國家重點實驗室258個（其中企業(yè)國家重點實驗室38個），試點國家實驗室6個，省部共建國家重點實驗室培育基地44個。這些研究實驗基地基本覆蓋了基礎研究的重點學科領域，學科布局和結(jié)構(gòu)布局基本合理。

三、提高階段（2008年--）：專項經(jīng)費的設立標志著國家重點實驗室進入了新的發(fā)展階段。

2008年3月，科技部和財政部聯(lián)合宣布設立國家重點實驗室專項經(jīng)費，從開放運行、自主選題研究和科研儀器設備更新三方面，加大國家重點實驗室穩(wěn)定支持力度。2007年經(jīng)費14億元，2008年近20億元，2009年預計達到25億元。專項經(jīng)費的設立，有利于營造寬容失敗、摒棄浮躁、潛心研究的科研環(huán)境，是國家重點實驗室又好又快發(fā)展的重要保障，標志著國家重點實驗室工作進入了新的發(fā)展階段。